Berbagai macam gangguan pada organ reproduksi ayam merupakan rangkaian dari salah satu kompleksitas sistem metabolisme ayam yang begitu urgent. Saling sinergi, berkait antara satu dan lainnya, tidak bisa berjalan sendiri-sendiri, satu mengensampingkan yang lain. Tapi system organ reproduksi yang terpenting ini berhubungan dengan proses produksi pembentukan telur terjadi di sini. Kesempurnaan dari organ reproduksi menjamin, produksi telur yang optimal, kontiyu berkesinambungan, dan menghasilkan profit secara maksimal. Jika terjadi sedikit saja gangguan, maka produksi telur pasti drop.
Beberapa gangguan sudah bisa di pediksi sebelumnya, seperti penyakit ND (New Castle Disease), EDS (Egg Drop Syndrome), IB (Infectious Bronchitis), AI (Avian Influenza)dan satu lagi penyakit CRD (Chronis Respiratory Disease).Prolapse adalah keadaan dimana ujung saluran Oviduct ikut keluar dari cloaka saat proses peneluran. Dan setelah telur keluar, ujung Oviduct \tersebut tidak bisa kembali masuk ke cloaka. Sehingga memancing timbulnya sifat Kanibalisme, saling mematuk yang berakibat pada kematian.Kejadian Prolapse kebanyakan pada masa ayam Layer belajar bertelur.
Sebab-sebab Prolapse belum diketahui secara pasti. Beberapa pendapat mengatakan di sebabkan tidak seimbangnya hormone tertentu, adanya infeksi cacing, ayam bertelur terlalu muda, ukuran telur terlampau besar, dan lainnya. Ayam penderita Prolapse harus di keluarkan dari kandang, kalau ujung Oviduct sudah membengkak, luka dan kotor maka ayam harus di afkir. Jika belum bengkak dan tidak terluka maka masih bisa kita usahakan untuk di sembuhkan. Sediakan minyak goreng, ambil ayam pegang, dengan cara di kempit di antara kaki kita dengan kepala ayam menghadap ke belakang. Oleskan minyak goreng pada Oviduct yang keluar, lalu jari telunjuk di olesi minyak. Dengan berlahan dorong ujung Oviduct masuk cloaka, setelah masuk, tahan dengan jari telunjuk kurang lebih 10 menit, hingga ujung Oviduct agak kaku dan tidak keluar lagi. Biasanya ayam akan sembuh, jika pada peneluran esok paginya, ujung Oviduct keluar lagi, tak ada jalan lain .
Salpingitis adalah infeksi bakteri pada Oviduct yang jadi membesar, dan penuh berisi perkejuan (gumpalan-gumpalan putih kekuningan). Infeksi ini berhubungan dengan penyakit CRD kompleks/colibacillosis. Salpingitis muncul berhubungan dengan keteledoran peternak soal manajemen Biosecurity yang kurang optimal. Seperti sanitasi kesehatan dalam lokasi kandang kurang mendapat perhatian
Hindrop Ascites
Kejadian dimana bagian rongga abdomen/ perut membesar hingga bisa menyentuh lantai saking besarnya. Berwarna merah, bila di sentuh terasa keras dan panas. Jka dilakukan bedah bangkai terdapat Oedema yang berisi cairan dari rongga abdomen karena proses Hipoproteinnemia (Rendahnya kandungan protein plasma menyebabkan merembesnya cairan dari pembuluh darah). Ayam yang terserang Hindrop Ascites tidak menampakkan seperti ayam sakit, sebab nafsu makan dan minum ayam ini masih normal. Bisa juga karena proses Hipoksia (Penurunan kandungan oksigen) dalam udara karena pada dataran tinggi atau juga karena kandang dengan ventilasi yang jelek, kandang dengan kepadatan tinggi, debu , amoniak dan kelembaban tinggi. Penyebab utama adalah Amoniak.
Peneluran Dalam Tubuh
Kondisi ini terjadi kalau sebutir telur yang masih berada dalam oviduct, dipaksa keluar dari bagian atas oviduct dan masuk dalam rongga, berkembang menjadi tumor, sebaiknya ayam di afkir.
Oviduct Pecah
Kejadian yang sangat jarang terjadi, bisa di lihat jika hanya oviduct di bedah. Disebabkan , adanya perintang di saluran oviduct. Kuning telur tidak dapat mencapai uterus, jatuh pada rongga abdomen, akhirnya menjadi tumor. Ayam di afkir.
Kuning Telur Pecah
Kuning telur pecah di dalam ovaria, sehingga melumuri bagian ovaria yang berakibat pada kematian. Kejadian banyak pada ayam petelur yang berproduksi begitu tinggi/atau saat pindah kandang.
Telur Tidak Dapat Kelur Dari Oviduct
Telur menyumbat saluran reproduksi, menutup di bibir dalam cloaka. Ayam telah berusaha keras tapi telur tak bergerak sama sekali. Bahkan memutar telur di dalam saja sama sekali tidak bisa, sampai bulu ayam berdiri semua dan posisi ayam seperti jongkok, wajahnya kelihatan mengejan. Ayam harus segera di ambil tindakan, telat sehari saja, ayam di jamin mati. Ambil ayam , jepit dengan dua kaki kita, kepala hadap belakang. Ambil minyak goreng, olesi bibir luar cloaka dan telur yang sedikit sudah kelihatan. Setelah terolesi dorong pelan, telur sedikit ke dalam, kemudian putar telur dan olesi minyak goreng lagi, putar-putar telur sambil terus di olesi minyak. Saat terasa sudah agak kendur, raba perut ayam usahakan jari-jari tangan berada bi belakangposisi telur. Berlahan sekali tekan jari-jari keluar sampai telur sedikit-sedikit keluar, sambil terus di olesi minyak hingga keluar.